Μετά από σχεδόν 60 χρόνια αδιάλειπτης λειτουργίας, το 2013, η αποκατάσταση και η επέκταση του κτηρίου εντάχθηκε από το υπουργείο Πολιτισμού στο Περιφερειακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Ανατολικής Μακεδονίας-Θράκης του ΕΣΠΑ 2007-2013, ενώ η επανέκθεσή του χρηματοδοτήθηκε από το ίδιο πρόγραμμα στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ 2014-2020.
«Είναι ιδιαίτερη χαρά για μένα», ανέφερε στον χαιρετισμό της η Λίνα Μενδώνη, «καθώς σήμερα αποδίδουμε στο νησί, στους κατοίκους και τους επισκέπτες του, το πλήρως αποκατεστημένο και αναβαθμισμένο Αρχαιολογικό του Μουσείο. 
Το Μουσείο της Σαμοθράκης είναι το 21ο Μουσείο που το Υπουργείο Πολιτισμού αποδίδει στους πολίτες και τους επισκέπτες της πατρίδας μας, από το 2019, που ο Κυριάκος Μητσοτάκης ανέλαβε τη διακυβέρνηση της χώρας. Από το 2019, μέχρι σήμερα στην Περιφερειακή Ενότητα του Έβρου, το Υπουργείο Πολιτισμού σε συνεργασία με την Περιφέρεια με τους πόρους του ΕΣΠΑ και με πόρους του Ταμείου Ανάκαμψης, υλοποίησε και υλοποιεί έργα συνολικού προϋπολογισμού περίπου 40.000.000 ευρώ.
Από αυτά, μελέτες και έργα περίπου 6.500.000 ευρώ, υλοποιούνται στη Σαμοθράκη, στον αρχαιολογικό χώρο των Μεγάλων Θεών, στο Κάστρο, στον Πύργο του Φονιά. Τα έργα εκτελούνται από τις Κεντρικές και τις Περιφερειακές Διευθύνσεις του Υπουργείου Πολιτισμού, χάρη στην συνολική προσπάθεια πολύτιμων στελεχών του, αλλά και χάρη στην πολιτική βούληση της κυβέρνησης που εξασφαλίζει τις πιστώσεις, δημιουργώντας τις αναγκαίες προϋποθέσεις για να υλοποιούνται τα έργα. 
Επομένως, σήμερα όλοι χαιρόμαστε γιατί έχουμε ένα χειροπιαστό αποτέλεσμα: Ένα νέο Μουσείο. Χαίρομαι ιδιαίτερα κι εγώ γιατί, το 2011, ήρθαμε και σχεδιάσαμε μια σειρά έργων, τα οποία ήδη έχουν τελειώσει ή ολοκληρώνονται. Είναι η μεγάλη παρέμβαση στο Κάστρο, η αποκατάσταση της Μονής του Χριστού, οι εργασίες στο Ιερό των Μεγάλων Θεών και, σήμερα, το νέο Αρχαιολογικό Μουσείο, με την υποδειγματική συνεργασία ανάμεσα στις δύο Περιφερειακές Υπηρεσίες του Υπουργείου Πολιτισμού, τις Εφορείες Αρχαιοτήτων Ροδόπης και Έβρου».
Η Υπουργός τόνισε την ανάγκη αξιοποίησης των υποδομών που δημιουργεί το κράτος από την τοπική κοινωνία. «Η αξιοποίηση αυτών των υποδομών είναι θέμα της Περιφέρειας, του Δήμου, της τοπικής κοινωνίας», επεσήμανε.
«Εσείς πρέπει να προβάλετε τις πολιτιστικές υποδομές, να τις αναδείξετε, για να έρθει προστιθέμενη αξία στον τόπο, ο οποίος διαθέτει μοναδικά συγκριτικά πλεονεκτήματα. Να σκοπεύσετε σε έναν υψηλού επιπέδου τουρισμού, που θα προσφέρει στο νησί και θα συμβάλλει στην ανάπτυξή του. Έναν ποιοτικό τουρισμό, που δεν θα καταναλώνει μόνον φυσικούς πόρους. Έναν τουρισμό με ανταποδοτικά οφέλη στη νησιωτική σας κοινωνία. Και αυτό είναι πολύ πιο σημαντικό, έχει πολύ μεγαλύτερη σημασία για τα μικρά νησιά μας από ό,τι στον χερσαίο χώρο της πατρίδας μας».
